A Lei n.º 28/2000, de 29 de Novembro, define e regula as honras do Panteão Nacional. No Artigo 2.º, nº 1, estabelece-se que “As honras do Panteão destinam-se a homenagear e a perpetuar a memória dos cidadãos portugueses que se distinguiram por serviços prestados ao País, no exercício de altos cargos públicos, altos serviços militares, na expansão da cultura portuguesa, na criação literária, científica e artística ou na defesa dos valores da civilização, em prol da dignificação da pessoa humana e da causa da liberdade.”

A designação dos vultos nacionais a merecer homenagem no Panteão Nacional quando da sua inauguração foi uma das atribuições da Comissão Consultiva para as obras de Santa Engrácia, constituída em finais de 1965, sob a presidência do historiador Damião Peres.

Para a Nave Central a escolha recaiu sobre Camões, Vasco da Gama, D. Nuno Álvares Pereira, Afonso de Albuquerque, Pedro Álvares Cabral e o Infante D. Henrique, tendo-se optado por uma solução memorial apenas evocativa, com base em cenotáfios, sem a presença física dos restos mortais.

Para as salas tumulares, nos cunhais do templo, foi acordada a transferência das personalidades sepultadas na antiga sala do Capítulo do Mosteiro dos Jerónimos, a saber: os antigos presidentes da República, Teófilo Braga, Sidónio Pais e Óscar Carmona, e os escritores Almeida Garrett, João de Deus e Guerra Junqueiro.

Todas estas trasladações tiveram lugar até às vésperas da inauguração do Panteão Nacional, em 7 de Dezembro de 1966.